La bâtisse de l’église a été réalisée selon les plans des architectes italiens. Les 11 chapelles rayonnantes autour de l’église méritent une attention particulière, notamment les chapelles Saint Benoît fondée par le roi Wladislas IV, Sainte-Croix avec le relief représentant la Mise du Christ dans le sépulcre, la chapelle Lubomirski avec le tableau représentant les saints Sébastien et Romuald avec des scènes de la vie, le saint Jean-Baptiste avec la représentation du baptême de Jean avec sur le fond le paysage des alentours de Cracovie ainsi que la chapelle de Cinq Saints Frères Martyrs, dans laquelle se trouve la descente aux catacombes. Les femmes ne peuvent visiter le couvent que pendant 12 jours aux dates fixées dans l’année.