С 1932 г. Пенины являются охраняемой территорией. Это часть Пенинского национального парка, расположенного по обе стороны польско-словацкой границы. На охраняемой территории находятся Центральные Пенины, увенчанные массивом Трёх Корон, возвышающимся над долиной реки Дунаец. Здесь можно встретить очень редкие виды флоры и фауны. Скалистый ландшафт гарантирует отличные условия обитания бабочки Аполлон, а реликтовые сосны на Соколице делают пейзаж неповторимым.

В Пенинах и на Спише мы найдем много заповедников живой и неживой природы. В заповеднике «Ущелье Гомоле» в Яворках можно восхищаться глубоким каньоном, украшенным известняковыми глыбами. Заповедник «Белая вода» очарует туристов скалами вулканического происхождения, а также потоками, образующими зрелищные каскады и глубокие углубления в русле реки. В заповеднике «Излом реки Бялки» под Кремпахами можно увидеть скалы белого и красного известняка, скрывающие знаменитую Облазову пещеру. В этих живописных местах снимали несколько фильмов, в частности «Яносик» и «Кароль. Человек, ставший Папой Римским». В заповеднике «Голубая долина» мы найдём уникальные старые буки – старейшим из них более 200 лет. На территории заповедника «Высокие скалки» растет последний в Пенинах еловый бор лесистого предгорья. В жаркие дни можно охладиться во время экскурсии на Жар (там со смотровой площадки можно восхищаться красотой Спишских Пенин). Можно также отправиться на сплав вдоль Пенинского излома Дунайца или на прогулку к водопаду Заскальник.