Súčasný názov Jagelovská univerzita nesie od roku 1817 ako pripomienku roly rodu Jagelovcov v jej vzniku. Búrlivé historické udalosti v poľských krajinách zanechali svoju stopu tiež na tejto vysokej škole. Hromadné odsúdenie pedagógov na smrť počas 2. svetovej vojny, rozdelenie na menšie inštitúcie a likvidácia niektorých fakúlt, to všetko ovplyvnilo organizáciu a činnosť univerzity. Až po roku 1989 univerzita získala širokú, jej náležiacu autonómiu a v roku 1993 sa na školu konečne vrátila medicína v podobe Collegium Medicum.

Medzi najpoprednejších absolventov patria ako prominentní politici, tak osoby, ktoré sa zaslúžili o dejiny Poľska a poprední, svetovo preslávení vedci. Nemožno neuviesť aspoň niektorých z nich: Jan Kochanowski, Jan Długosz, Jan III. Sobiesky, Mikuláš Kopernik, Stanisław Wyspiański, Bronisław Malinowski, Roman Ingarden, Karol Wojtyła alebo Wisława Szymborska.

V súčasnosti Jagelovská univerzita zamestnáva viac než 4 000 osôb a vzdeláva viac ako 40-tisíc študentov z celého sveta. Priťahuje ich úroveň školy a jedinečné miesto – Krakov.

Za návštevu rozhodne stoja budovy a sály Collegium Maius a Collegium Novum, kde sa môžeme aspoň otrieť o majestát univerzity a pocítiť atmosféru, ktorú zakúšali najvyššie intelektuálne sféry v histórii. V súčasnosti sa v Collegium Maius nachádza Múzeum Jagelovskej univerzity s nedoceniteľnými artefaktmi, medzi ktoré patria vedecké prístroje, obrazy, sochy, grafiky, kresby, akvarely, zlatnícke výrobky, keramika, textil a pod. V roku 1783 z iniciatívy Komisie pre národné vzdelávanie vzniknutá Botanická záhrada Jagelovskej univerzity, sídliaca na ul. Kopernika 27, je potom miestom štúdia a odpočinku, dostupným pre všetkých.